An der Westseite des belebten Kopfsteinpflasterplatzes San Francisco steht die gleichnamige, älteste Kirche von Quito, 1534 von Francisco Cantuña erbaut. Der Komplex einschließlich Kloster wurde vom Franziskaner Joedco Ricke gegründet. Die Statue auf der rechten Seite der vorderen Terrasse ehrt ihn – vielleicht auch im Namen aller Biertrinker, da er der erste in Ecuador war, der Weizen angebaut hat.

Die symmetrische, weiß verputzte Fassade und die beiden Zwillings-Glockentürme strahlen bei Nacht und auch am Tag in den Himmel Quitos. Sie ist zwar weniger prunkvoll als La Compañía, dennoch birgt diese Kirche ein großartiges Werk an barocker Kunst, beschattet vom Dämmerlicht der Decke aus Blattgold.

Die letzten Ausgrabungen um die Kirche San Francisco herum brachten diverse Artefakte aus kolonialer und präkolonialer Zeit hervor, darunter eine große Zahl Knochen.

Die Legende erzählt, dass Francisco Cantuña zum Bau der Kirche einen Pakt mit dem Teufel einging: Für die Hilfe des dämonischen Heers erklärte sich Francisco bereit, seine Seele herzugeben. Der Teufel forderte sie auch, doch bevor sich Francisco auslieferte, prüfte er nach Fertigstellung der Kirche die Arbeit des Teufels und entdeckte, dass ein Stein fehlte. Da die Teufelsarbeit also unvollständig war, konnte er seine Seele retten.

Die Kirche wird momentan restauriert und Anfang 2010 für einige Wochen geschlossen. Die Besucher können weiterhin das Museum, die angrenzende Kapelle von Cantuña sowie die Kirche Santa Clara besichtigen.